Миссия Казахского агротехнического университета им. С.Сейфуллина заключается в предоставлении качественных образовательных услуг на уровне международных стандартов, обеспечивающих студентам и преподавателям мобильность, а выпускникам конкурентоспособность на рынке труда.

В соответствии с миссией стратегической целью КАТУ им. С.Сейфуллина является достижение эффективного функционирования системы качества по опережающей подготовке специалистов и научно-педагогических кадров, путем предоставления им широких возможностей выбора уровня, содержания, формы и сроков обучения, осуществляемых на основе инновационных технологий.

Для достижения этой цели необходимо решение следующих задач:
— стать исследовательским аграрным университетом РК, дающим качественные знания потребителям образовательных услуг, позволяющим им занять достойное место на рынке труда;
— повышение привлекательности ВУЗа для общества путем формирования мнения о престижности и элитарности образования получаемого в его стенах;
— обеспечение востребованности выпускников путем совместной разработки образовательных программ с работодателями;
— интеграция образовательных услуг с производственными процессами, ориентирование научных исследований на потребности экономики страны;
— устойчивое развитие образовательной и социальной инфраструктуры университета;
— перманентная актуализация культурно-воспитательной работы, направленной на формирование всесторонне развитой личности.